根据《中共南通市崇川区委、南通市崇川区人民政府关于崇川区区级政府机关机构改革的实施意见》（崇委发（2005）号），区财政局增挂“国有资产监督管理委员会办公室”牌子，为区政府工作部门。内设机构和人员编制规定如下：
根据财政预算管理中“预算编制、预算执行、预算检查”三分离的原则及建立“精干、高效”财政队伍的要求，根据上述职责，设立9个职能科室。
1、办公室（增挂人教科）
（1）处理局机关日常政务，负责有关重要会议的组织；起草有关重要报告和文件；管理财政信息、宣传和新闻发布工作；负责文电、机要、档案、保密、信访等工作；负责计算机网络建设、使用、维护和安全管理；负责局机关财务、资产（物资）及后勤管理工作；指导局所属事业单位财务工作。组织开展财政科研工作；负责局财经刊物的通联编辑和财经报刊征订发行工作。
（2）负责局机关及所属事业单位的机构编制、人事管理工作；负责局机关离退休人员的管理；调查研究全区财政系统干部队伍建设状况, 指导系统精神文明建设和思想政治工作；组织实施财政系统表彰活动；拟订并组织实施全区财政系统的干部教育培训规划；指导镇（街）财政教育工作。
2、预算科（增挂行政政法科、税政法制科）
（1）研究财政预算内外资金分配政策和预算管理改革方案，拟订规章制度和管理措施，审查报批部门预算；汇总审核各部门人员经费和公用经费支出标准和定额；编制年度区级财政预算草案和区级综合财政收支计划；汇总年度全区财政预算；负责分析预算执行情况；管理财政专项资金投放项目库；管理有关罚没收入及税务征收经费；提出增收节支和平衡财政收支政策的措施与建议；合理区分区级财政预算收支范围，负责镇（街）财政体制管理及财政转移支付工作；统一办理预算追加事宜；参与对乡镇财政的管理指导工作；指导镇（街）预算管理工作。
（2）研究提出行政、政法部门的经费开支标准、定额及年度部门预算安排的建议；拟订行政性经费的财务管理制度和外事财务制度；负责财政支持项目的资金管理，协助有关部门进行项目的可行性研究和效益分析，督查项目实施中资金的管理使用情况；拟订有关部门、单位和项目资金的财务管理办法；监督有关部门、单位的财务运行和收支预算执行；审核有关部门、单位的财务决算。
（3）研究提出教育、科学、文化、计划生育、体育等部门的经费开支标准、定额及年度部门预算安排的建议；参与主管部门制订行业发展规划及相关政策；制订事业性经费的财务管理制度；负责财政支持项目的资金管理，协助有关部门进行项目的可行性研究和效益分析，督查项目实施中资金的管理使用情况; 拟订有关部门、单位和项目资金的财务管理办法；监督有关部门、单位的财务运行和收支预算执行；审核有关部门、单位的财务决算。
3、国库科（增挂社保科）
（1）执行国家金库管理制度和政府总预算会计制度；负责区级国库和财政专户财政资金调度；编制、汇总全区及区本级财政总决算；编制、汇总、上报全区及区级财政收支旬、月报；统一管理区级财政的银行开户；研究和推行国库集中支付制度；贯彻执行中央、省、市内债政策和管理制度；负责财政专项资金的核算、管理；负责与财政审计有关的工作。
（2）研究制订有关社会保障的财政政策和财务制度；编制区级社会保障预算草案；研究提出民政、卫生、劳动与社会保障、残联等有关部门的经费开支标准和定额及年度部门预算安排的建议；负责财政支持项目的资金管理，协助有关部门进行项目的可行性研究和效益分析，监督项目实施中资金的管理使用；拟订有关部门、单位和项目资金的财务管理办法；监督有关部门、单位的财务运行和收支预算执行；审核有关部门、单位的财务决算。
4、国有资产营运监管科（增挂企业科、政府采购中心）
（1）会同有关部门做好区级国有资产经营公司的设立、重组、调查规划、清产核资、资本金核定等工作；负责国有资产经营公司的财务管理和监督；研究制订国有资产经营公司激励与约束机制方面的政策措施和管理办法；组织对国有资产经营公司的经营业绩和财务状况的审计；承办国有资产经营公司资产经营目标责任制的考核及经营者年薪制兑现工作，负责国有资产收益收缴；会同有关部门做好国有资产经营公司董事会成员的考核、奖惩工作；负责国有资产经营公司监事会成员、财务总监的日常管理与考核、培训、奖惩工作; 承担产权纠纷处理和资产流失查处。
（2）参与研究产业政策和企业改革政策；研究并实施国家与国有企业分配政策的改革；贯彻执行并研究制订国有企业资产与财务管理有关的政策和制度；负责区级国有企业资产财务监管工作;指导和推进国有企业改制工作，参与国有企业的改制、拍卖、兼并、破产、终止清算等有关政策的研究制订与实施。负责企业改制中的资产损失的确认，核销国家所有者权益及国有企业改制方案的审查。负责企业亏损补贴、扭亏技改贴息资金、外贸出口贴息资金、财政对企业的专项补助、科技三项费用等专项资金的有关管理工作；负责政府授权行使的企业国有资本与财务管理的职责；负责企业信息统计和财会人员培训、管理工作；指导非国有企业的财务管理和镇（街）资产与财务管理工作。
（3）拟订政府采购的有关办法；研究、拟订政府采购计划；编制区级年度政府采购预算；搜集、统计、发布政府采购信息；审查确认进入区级政府采购市场的供应商资格；审查确认社会中介机构取得区级政府采购业务的代理资格；确定并调整政府集中采购目录和公开招标范围的限额标准；管理和监督政府采购活动；处理政府采购中的投诉事宜。
5、会计管理科
管理全区会计工作；贯彻执行会计法律、法规、规章和政策起草配套政策措施；负责《会计法》的宣传、贯彻和执法检查工作；指导和管理社会审计工作；组织、管理会计人员的业务培训和继续教育；负责全市会计职称，会计人员从业资格和执业资格方面的有关管理工作；组织指导全市会计电算化工作；负责实施会计委派制的管理工作；管理全区有关会计行为的技术鉴定工作。
6、经济建设科
研究拟订财政投资的有关政策；拟订基本建设财务管理制度和建设工程概、预、决算审核办法；负责财政性投资建设项目的财政财务管理；负责基本建设项目的概、预、决算管理；负责区级基本建设项目准备金的管理；负责城市维护建设资金与财务管理；研究提出建设等部门经费开支标准、定额、年度经费预算和各种专项资金预算安排的建议；负责财政支持项目的资金管理，协助有关部门进行建设项目的可行性研究及效益分析，监督项目实施中资金的管理使用情况；拟订有关部门、单位和项目资金的财务管理办法；监督有关部门、单位的财务运行和收支预算执行情况；审核有关部门、单位的财务决算。
7、农财农税科（增挂财监科）
(1)研究提出有关部门的经费开支标准、定额及年度部门预算安排的建议；负责财政支农专项资金管理，拟订支农专项资金项目资金管理办法，协助有关部门进行项目可行性研究论证和效益分析，监督项目实施中资金的管理使用；负责农业、海洋渔业、水利、农机、农业综合开发等部门和单位的财务管理工作，监督有关部门、单位的预算执行；负责全区农口企业资产财务管理；贯彻实施国家农业综合开发的有关政策及资金财务管理制度，参与组织编审农业；综合开发规划和年度计划；落实区级财政配套资金, 检查农业综合开发计划任务完成情况和资金使用情况；负责农业综合开发有偿资金的清理回收工作；负责防洪保安资金的筹集和农业发展基金的筹集、使用管理；负责农业发展基金和农业综合开发资金财务管理工作；负责区级农业发展支出项目的论证、编审工作，并对支出项目实行项目管理。
（2）负责全区农业税、耕地占用税、契税的征收管理；宣传并贯彻实施农业税收政策、法规，拟订具体的征收管理办法并组织实施；对有关法律、法规在执行中的一般性问题进行解释和处理；指导全区农业税收征管业务；负责市区契税、耕地占用税的征收和管理工作；负责耕地占用税和契税的减免事宜；贯彻落实减轻农民税负的政策，参与税收税制改革。
（3）贯彻财政监督的政策和制度，制订财政监督检查的工作计划和具体措施；监督财税法律、法规、规章、政策的执行；组织实施对企业会计信息质量和社会审计机构执业质量的监督检查；组织实施对预算执行情况的监督检查；组织实施对财政内部监督检查；受理违反财经纪律方面的举报；对全区财政监督检查工作进行指导。负责局机关及下属单位的纪检监察工作。
8、会计结算中心
(1)依据会计法律、法规和财务会计制度的规定，对纳入统管的行政事业单位实施会计核算、加强会计监督、搞好会计服务。
(2)会同有关部门制定和完善加强行政事业单位财务会计管理的各项政策措施，维护统管单位的合法权益。对纳入统管单位的财务管理（报帐员）组织实施业绩考核评比工作。
(3)及时为统管单位提供会计信息资料。定期分析单位收支动态，为领导决策服务。
9、会计培训中心
10、崇川区建筑房地产税收征收管理办公室
11、崇川区综合治税办公室
12、CBD招商处
二、人员编制和领导职数
区财政局机关现有行政编制11人，事业编制1人（人员依照国家公务员进行管理）。
领导职数为：局长1名，副局长3名，国资办专职副主任1名，正副科长（含主任）7名。
11、崇川区综合治税办公室
12、CBD招商处
二、人员编制和领导职数
区财政局机关现有行政编制11人，事业编制1人（人员依照国家公务员进行管理）。
领导职数为：局长1名，副局长3名，国资办专职副主任1名，正副科长（含主任）7名。